2006年1月1日，根据福建省政府的决定，厦门湾内厦门市所辖的港区与漳州市所辖的后石、石码、招银3个港区合并组成新的厦门港，成立厦门港口管理局，作为对全厦门湾港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门。由于厦门港一体化管理未得到交通部确认，3个港区身份就不能变更，导致招银港区招商局漳州码头公司的货物进出口单证的目的港或始发港口岸名称仍是“漳州港”，让船方、货主费解，也给进出3个港区的船舶带来不便。此外，“一湾两港”也带来了重复签证和重复收费等问题，增加了船舶在港滞留时间和船方营运成本。