据悉，为加强签署机构间的协调，监督协议的贯彻执行，签署机构设立秘书长及秘书处。秘书长由各签署机构分管领导轮流担任，任期一年。秘书处设在轮值秘书长所在船舶检验机构，负责组织对协议执行情况的监督检查；召集相关会议协调会议、专家会议、例会、换届会议等；收集发布地区内转港船舶情况、有关运行协议的情况等相关信息。

        质量互认协议的内容一是审图质量互认，一般指其他船检机构（审图机构）批准的图纸用于本省造船时的情况，可以经指定的检验机构进行符合性审查；二是转港时的检验质量互认；三是质量问题的处置，互认是有条件的，是建立在相互诚信的基础上的。如果多次发现质量问题，则可以认为这个质量问题不是偶然的，可以推论其质量诚信有问题，那就有必要采取惩罚性措施。