重庆长江轮船公司在“十五”期科技成果斐然，有的研究已达到内河领先的情况下，积极推进科学技术创新工作，为航运打造新的核心竞争力。“十一五”期后三年，重庆长江轮船公司科技创新工作主要以发展为导向，提升效益为优先原则，自主创新与合作研发并重原则，引进消化与二次创新结合原则。科技创新工作的重点是，积极引进现代造船技术，加快消化吸收和再创新；加强运输生产及信息化管理领域科技创新；大力推进新船型新机型开发；继续开展节能降耗技术研究攻关；努力提高地面产业科技创新水平；进一步提升存量资产效率；继续推进防污染技术攻关。